El Centro de Investigación y Desarrollo de Ecosistemas Hídricos nace en julio de 2019 y se especializa en la investigación de las aguas subterráneas. Sus investigadores se especializan en hidrogeoquímica e isotopía de aguas, elaboración de modelos conceptuales de acuíferos, modelos numéricos, estudios de recarga de acuíferos y estudios de agua en salares.

La misión del CIDEH es generar y transferir conocimiento científico y tecnológico sobre gestión integrada de recursos y ecosistemas hídricos mediante el desarrollo de ciencia aplicada a nivel interdisciplinario para promover la sustentabilidad ambiental y social a nivel nacional e internacional.

Mientras que la visión es ser un centro de excelencia en la investigación y desarrollo de soluciones innovadoras para preservar y restaurar los recursos hídricos en el medio natural.